Au Moyen-âge,
la ville est citée dans la charte de donation du duc d’Aquitaine Geoffroy Martel. Celui-ci cède en 1047 la paroisse du village de Saint-Pierre-de-Sales.
Marennes désigne alors la presqu’île et non la ville elle-même- à l’abbaye aux dames de Saintes. La relative quiétude de la ville est troublée par les conflits franco-anglais du 14ème Siècle et par d’épisodiques révoltes contre la gabelle, l’impôt sur le sel.
Mais ce sont les guerres de religion qui plus encore marqueront l’histoire de la cité.
Dès 1558,
un premier temple est édifié et la majorité de la population est convertie à la religion réformée. En 1568, les protestants de Marennes se joignent aux armées du Prince de Condé. Les catholiques se retranchent dans l’église, laquelle est transformée en citadelle. A la fin du conflit, celle-ci sera si endommagée que sa destruction complète devra être ordonnée. Seul le clocher, haut de 85 mètres, témoigne de l’importance de l’édifice initial.
Afin de regagner la population à la foi catholique, les autorités autorisent divers ordres religieux à édifier écoles et couvents dès 1628 : ainsi s’installent dans la ville les Jésuites, les Récollets et les Cordeliers.